清华大学经济学研究所成立以来，在理论经济学和马克思主义理论领域开设了大量的相关课程，许多课程广受好评并获得多个校级、市级、国家级荣誉奖励。开设的课程主要包括：经济学原理、中级微观经济学和宏观经济学、马克思经济学与西方经济学比较、西方经济思想史、制度经济学、中级政治经济学、国际政治经济学、区域经济学、发展经济学、《资本论》研究、转型经济专题研究、博弈论、经济学方法论、中国近代经济史专题、中国社会经济史专题、经济史研究基础与理论前沿、现代化研究、中外经济关系史、比较经济制度等。同时，经济学研究所还曾经承担过校级公共课的教学任务，主要讲述马克思主义政治经济学原理与邓小平理论概论两门课程，荣获国家级精品课程、北京市精品课程等殊荣。
