为适应中国经济结构战略性调整对软件人才的迫切需要，实现我国软件人才培养的跨越式发展，支持天津滨海新区的开发和开放， 2001 年 8 月南开大学开始筹建软件学院， 于2002 年1 月正式成立国家示范性软件学院。南开大学软件学院是教育部和国家发展计划委员会批准成立的首批国家示范性软件学院之一。按照南开大学建设世界一流大学的总体规划，软件学院充分利用南开大学的综合资源，以创 “南开品格、中国特色、世界一流” 的软件学院为目标，秉承南开大学 " 允公允能，日新月异 " 的校训，坚持求真务实、开拓创新、共享合作，为国家和地区经济的转型、升级，培养急需的高层次软件人才。软件工程学科与计算机科学与技术学科都源自于南开大学数学专业。经近三十年的发展，目前已经形成较为完整的学科体系和特色鲜明的发展模式。在前期，软件工程依托计算机科学与技术学科发展。2011年，南开大学软件工程学科成为首批获批的软件工程一级学科。软件工程学科建设指导思想是：行业引导，带动学科交叉、人文科技融合，解决科学与工程领域的前沿课题。软件工程学科已经建立了包括软件工程本科、硕士和博士的完整人才培养体系，为国家和天津市的发展培养了大批高素质人才。2013年，软件工程学科入选天津市重点学科。软件学院拥有一支研究方向稳定、创新协作能力突出的高素质学术队伍。现有教师25名，45岁以下的教师全部拥有博士学位，合理的人才梯队结构为学院的长远发展提供了有力的支撑。近年来，在智能信息处理、管理信息系统、软件工程与软件方法学、嵌入式软件与信息安全、图形图像处理等方面取得了一批国际水准的研究和产学研成果。“十一五”期间，共承担国家级、省部级重点、国际合作等各类科研项目37项，项目经费1248万元，获得包括钱伟长中文信息处理奖，天津市科技进步二、三等奖等省部级奖励3项以及专利金奖等诸多奖项。共发表论文289篇，其中SCI、EI、ISTP收录183篇。发明专利11项，美国专利1项。软件学院重视与国内外研究机构紧密合作和学术交流，目前，已经连续协助举办了四届（天津）国际软件测试大会；有2名博士研究生获“微软学者奖”。同时，多名教师在天津市和滨海新区挂职，为地方科技发展和产业规划建言建策，提供智力支持。首任院长黄亚楼教授目前兼任滨海新区科委主任，直接服务于滨海新区的开发和开放。目前，以南开大学新校区建设为契机，软件学院正在规划全新的发展蓝图，力争经过若干年的建设，逐步建成规模适度，特色鲜明，“南开品格、中国特色、世界一流 ” 的软件学院，使南开大学软件学院成为我国和天津市软件行业高层次创新、创业人才培养基地。
