中国科学院上海巴斯德研究所于2004年10月11日揭牌成立，2005年7月开始运行，2009年7月23日获中央机构编制委员会办公室批复，是中国科学院整建制从事人类传染性疾病基础研究和相关技术应用的综合性研究机构。自2017年开始，上海巴斯德所共建方变更为中国科学院和法国巴斯德研究所。 上海巴斯德所聚焦病原微生物基本生命活动规律、重大传染性疾病的致病机制等关键科学问题，推动病原学、免疫学和疫苗学知识创新与学科发展。 据2018年8月上海巴斯德所官网显示，上海巴斯德所共设有25个研究单元；设有1个博士后科研流动站、1个学术学位一级学科博士点、2个学术学位二级学科博士点、1个学术学位一级学科硕士点、2个学术学位二级学科硕士点、1个专业硕士领域；在学研究生145人，在站博士后15人，与工作站联合培养博士后9人。截至2017年底，上海巴斯德所共有在职职工112人，其中科技人员71人。
