为适应研究型大学建设的要求，推进科研体制改革，建立专职科研队伍、推动科研工作发展，2010年12月学校成立了同济大学高等研究院。同济大学高等研究院是校长领导下的科研特区，高等研究院的宗旨和目标是：建立有别于我校现行管理体系的科研特区，实施特殊的管理政策，探索灵活的用人机制，发挥学科研究的团队作用，吸引国内外杰出研究人才，集聚和稳定一批专职科研队伍，选拔和培养一批优秀中青年科研人才；围绕国家重大战略及科学前沿问题，长期稳定地开展基础研究、应用基础研究和关键工程技术研究，促进我校科技竞争力跨越式发展，最终实现研究型大学的建设目标。 高等研究院的主要任务是探索建立以事业编制人员和合同聘用制人员相结合的新型科研用人机制，建立一支具有一定规模和层次合理的专职科研队伍，促进学校科技创新能力的提升。高等研究院根据学科重点发展方向和规划，对现有的科研队伍进行优化，形成科研创新团队，以科研创新团队为建设单位，组织科研团队攻关和进行专职科研人员的聘任。经过一定时期的建设，高等研究院将形成若干支校内科研人员与长期或短期聘任的专职科研人员相结合的、结构层次合理的科研创新团队，代表学校参与国家重大项目的竞争、国家重点科研基地的建设和开展前沿的国际交流与合作。
