南京大学教育研究院是在教育科学与管理系的基础上于2009年11月18日成立的。教育科学与管理系建立于2002年12月30日，此前称高等教育研究所。1982年9月，南京大学成立高等教育研究室，1986年升格为系所级建制，1987年更名高等教育研究所。 南京大学教育学科的历史可追溯至1918年6月创立的南京高等师范学校教育专修科。1920年11月，在该科基础之上建成国立东南大学教育科。1927年6月，国立东南大学等9校合组成立国立第四中山大学，下设9个学院，教育学院名列其中。次年5月，学校定名为国立中央大学，改设8大学院，教育为其一。30年代中期中大的学院调整为7个，教育依然是一大学院。1938年7月，奉教育部令，改教育学院为师范学院。30余年间，郭秉文、陶行知、潘菽等一大批教育名家曾在此辛勤耕耘，滋兰树蕙。南京大学的前身之一金陵大学1912年即创设了师范专科，1914年改建为教育系。1930年，金陵大学形成“三院嵯峨，文理与林农”的格局，教育系隶属于文学院。刘国钧、李小缘、蔡乐生等著名学者长期执教于此。金陵大学是我国电影教育和电化教育事业的发源地：在校长陈裕光、院长魏学仁的支持和倡导下，理学院于1930年成立电影教育委员会；1936年成立电影教育部；1938年创设影音专修科即电化教育专修科；1942年在我国大学中最早出版有关电影和电教事业的综合性刊物《影音》月刊。1949年8月，中央大学更名为南京大学，师范学院成为南京大学的七大学院（文、法、师范、理、工、农、医）之一。1952年全国院系调整时，南京大学师范学院独立，与金陵大学等校的相关系科合组成立南京师范学院。 南京大学的教育学科重建于1982年。经国务院学位委员会和教育部批准，南京大学分别于1993年和2004年建立高等教育学硕士点和教育技术学（数字媒体与知识工程）本科专业。其间，又经学校批准，开办了教育经济与管理、课程与教学论、教育技术学硕士点，分别授予管理学和教育学硕士学位。并成为教育学一级学科硕士点。新近又获教育硕士专业学位授予权。 2006年，获得高等教育学博士学位授予权，填补了南京大学教育学科博士点的空白。2009年，国务院学位委员会决定在我国试办教育博士专业学位（Doctor of Education, Ed.D.），南京大学成为首批15所获得教育博士授权点的大学之一。这也是迄今为止南京大学唯一的专业学位博士点。教育研究院还可招收教育经济与管理专业的博士研究生、博士后。目前，教育研究院可授予“教育学”、“管理学”和“教育博士”3种博士学位。 教育研究院现设有高等教育研究所、教育经济与管理研究所、课程与教学研究所，并编辑出版《高教研究与探索》杂志。南京大学高等教育研究与评价中心挂靠在教育研究院。
