作为浙江大学校设直属科研机构，求是高等研究院实行单独行政管理，享受学校的特殊政策，业务上由校科学技术研究院管理。2006年底，三位国际知名科学家出任浙江大学最高学术职位——查氏讲座教授，并轮值担任求是高等研究院主席一职，他们是：香港科技大学原校长朱经武教授，美国加州大学罗氏达蒙讲座教授简悦威先生，美国Intel公司前高级副总裁和制造事业部总经理周尚林先生。求是研究院依托浙江大学现有的科研基地，充分采用纳米技术、信息科学、生物医学工程和临床医学的研究成果，围绕神经信息与控制等领域开展多学科交叉研究。着重研究神经控制与修复、运动神经模型、神经信号处理及专用芯片设计、传感器材料的生物相容性、基于遥控和遥测的生物机器人、人工智能、脑—机交互（BCI）等课题。将最新研究成果应用于临床、公共安全等领域，实现科学和技术融合，造福社群，服务社会。作为浙江大学的“研究特区”，求是研究院享有特殊的人才引进、聘用及考核政策，并设立了以博士为主的查氏特聘研究员岗位，引进国内外优秀人才前来从事研究工作。研究院还单独设立了博士研究生课程，招收硕士/博士研究生，培养高级研究人才。
