南京大学是全国最早开展环境科学研究和教学的单位之一。1978年教育部批准成立环境科学研究所，1984年成立环境科学系，1993年更名为环境科学与工程系，1999年成立环境学院，下设环境科学系和环境工程系，包括环境化学、环境生物、环境规划与管理、环境工程四个专业。拥有“污染控制与资源化研究国家重点实验室”、“国家有机毒物污染控制与资源化工程技术研究中心”、“国家环境保护有机化工废水处理与资源化工程技术中心”、“水处理与水环境修复教育部工程研究中心”、“国家级环境科学与工程试验教学中心”以及中美、中芬环境研究中心等15余个研究单位。2013年1月，教育部公布最新学科整体水平评估结果中，南京大学环境学院位列全国第三，共获得国家自然科学奖二等奖1项，国家技术发明奖二等奖3项，国家科技进步奖二等奖1项，参与获得国家自然科学奖二等奖1项，国家科技进步奖二等奖2项，并获得省部级科技成果奖20余项。
