新雅书院成立于2014年9月27日。成立初期（2014.9-2016.4）按照“通识教育实验区”本科教育改革项目运行，聘甘阳教授任总监，曹莉教授任项目主任。2014、2015年，新雅书院实行校内二次招生，共招收192名学生，分别来自建筑学院、生命学院、法学院、航天航空学院（钱学森力学班）、电子系和汽车系。上述两届学生同时在新雅书院接受通识教育，在专业院系接受专业教育。其行政归属和学籍均在专业院系。2016年5月18日，经2015-2016学年度第25次校务会议讨论通过，成立实体化清华大学新雅书院，同时制定新雅书院招生计划和本科生培养方案。计划和方案规定，从2016年起，新雅书院面向全国高中招生，文理兼收，学生入学时不分专业，首先接受以数理基础和人文社科基础为核心的小班通识教育，一年后学生可自由选择清华大学任何专业（临床医学除外）以及两个特设交叉专业——智能工程与创意设计（CDIE）、政治经济与哲学（PPE）——发展。2016年８月，来自全国近30个省市的65名高考成绩名列前茅的学生入学新雅书院，成为第一批四年学籍均在书院的本科生。2017年5月，经过一年高强度的文理通识课程的学习，16级学生共选定15个专业，覆盖９个学科门类。
