获奖及荣誉：
曙光一号智能化共享存储多处理机系统，获1994年中国科学院科技进步特等奖；1995年国家科技进步二等奖，排名第16位。
曙光1000大规模并行计算机系统，获1996年中国科学院科技进步特等奖；1997年国家科技进步一等奖，排名第5位。
曙光2000大规模并行计算机系统，获2000年中国科学院科技进步一等奖；2001年国家科技进步二等奖，排名第1位。
曙光系列可扩展并行计算机系统，获2001年中国科学院科技进步二等奖，排名第2位。
曙光3000和可扩展并行计算机系统，获2003年国家科技进步二等奖，排名第1位。
曙光4000系列高性能计算机，获2005年中国科学院杰出科技成就奖，2006年国家科技进步二等奖，排名第1位。
曙光高效能计算机系统关键技术及应用，获2013年国家科技进步二等奖，排名第1位。
人才奖励：
1992年度中科院院长奖学金优秀奖，1999年度中科院院长奖学金优秀奖。
1999年获中国科学院青年科学家奖一等奖。
2000年获得政府特殊津贴。
2006年入选百千万人才工程国家级人选；获第九届“中国青年科技奖” ；获第十七界“中国十大杰出青年”荣誉称号。
2009年获得国家自然科学基金委杰出青年称号。