基于重测序数据的昌都黑山羊遗传多样性及群体结构分析
wf（2022）
摘要
藏山羊是中国独特的地方品种.为进一步从基因组水平上了解藏山羊的遗传多样性及群体遗传结构,该研究对西藏昌都黑山羊的3个不同地方群体进行了全基因组重测序.鉴定3个采样群体的SNP位点结果表明,共鉴定出13426331个SNP位点;遗传多样性及连锁不平衡分析结果显示,3个采样群体的核苷酸多样性相近,并且LD衰减曲线相似;通过NJ进化树分析,其拓扑结构显示3个采样群体聚成1支,与西藏地区其它8个山羊品种或群体显著分离;群体结构分析结果显示,采样群体间亚群组成较为一致,但有2个采样群体存在一定的杂交特征;主成分分析显示,3个采样群体与其他西藏山羊品种或群体在前2个主成分上分离,位置及相互关系符合进化树结构以及群体结构结果.该研究从基因组水平解释了昌都黑山羊的种质特性,也为后续藏山羊种质资源保护和利用、重要经济性状的基因定位以及分子育种提供重要的理论依据.
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