韭葱黄条病毒、洋葱黄矮病毒和胡葱黄条病毒六安分离物CP基因克隆及同源性分析

设计特异性引物PCR扩增了六安大蒜病样中的韭葱黄条病毒(Leek yellow stripe virus,LYSV)、洋葱黄矮病毒(Onion yellow dwarf virus,OYDV)和胡葱黄条病毒(Shallot yellow stripe virus,SYSV)的全长CP基因,插入到pGEM-T载体并测序。分别比较3种病毒CP基因种内变异性和种间亲缘关系。结果表明LYSV六安分离物CP基因由864个碱基组成,与Genbank上已报道的68个LYSV不同分离物CP基因的核苷酸序列同源性为76.12%～84.31%;OYDV的CP基因由771个碱基组成,与Genbank上已报道的86个OYDV不同分离物同源性为81.06%～90.40%;SYSV的CP基因由774个碱基组成,与Genbank上已报道的11个SYSV不同分离物CP基因同源性为88.63%～94.32%;从分析结果来看,LYSV的CP基因不同分离物之间变异性较大,OYDV CP变异性不大,SYSV变异性很小;3种病毒都有1个以上的宿主,病毒种内不同宿主分离物之间CP序列差异很小。进化分析显示OYDV和SYSV的CP基因亲缘性较近并成簇,LYSV的CP基因与OYDV和LYSV的CP基因亲缘性较远。