柯萨奇病毒A16型VP1区基因变异和进化分析

目的 分析2010~2011年本院分离的2株柯萨奇病毒A16(Cox16)VP1区核苷酸(氨基酸)变异和进化特征,探讨CoxA16基因变异与临床特征的相关性.方法 选取CoxA16所导致的手足口病患儿的咽拭子标本,采用RT-PCR法扩增其VP1区3'-端核苷酸序列(约400 bp),所得序列与近几年中国内地和1951~2010年世界范围流行的CoxA16分离株进行核苷酸序列比对,并分析VP1区氨基酸的变异.结果 本研究中2例患儿均有典型的手足口病表现:发热,双手、足红色皮疹和口腔黏膜散在的疱疹,其中分离出JN2011-B11的患儿有轻微肝功能损害.此2株CoxA16均属于B1b基因型,与2008年中国株(QH0549T)的同源性最高,核苷酸和氨基酸的同源性分别为96.0%和99.1%.近11年中国内地CoxA16 VP1区C-端氨基酸序列变异很小,仅在225、235和266三个位点出现.资料显示世界范围内2001年后的流行株以B1a和B1b为主.结论 近11年来,中国内地CoxA16毒株VP1区基因的变异程度较低,核苷酸变异率为4%~12.7%.本研究所分离的2株CoxA16毒株核苷酸和氨基酸同源性均较高,达97.7%和96.8%.该病毒基因变异与临床特征的相关性尚有待于进一步验证.