PO27 Diagnostic moléculaire simultané de 43 formes monogéniques de diabète et d’obésité : un pas vers la médecine métabolique Personnalisée

Objectif Nous avons recemment prouve l’interet du sequencage de l’exome pour la caracterisation moleculaire du diabete neonatal (Bonnefond et al, PLoS One, 2010). Cependant, l’utilisation de sondes d’hybridation implique necessairement des trous de capture, limitant la precision du diagnostic. Nous avons cherche a developper une approche haut-debit pour le diagnostic moleculaire de maladies genetiques, moins chere et plus rapide, mais avec la fiabilite d’un sequencage Sanger. Pour la tester, nous avons voulu re-identifier les mutations causales connues chez 45 patients atteints de formes monogeniques de diabete ou d’obesite. Materiels et methodes Nous avons cree un panel de 970 paires d’oligos ciblant les 43 genes connus de susceptibilite aux formes monogeniques de diabete ou d’obesite. L’ADN genomique de 45 patients a ete sonique et melange aux reactifs de PCR. L’appareil RDT-1000 (Raindance) a genere des microgouttelettes lipidiques (contenant les fragments d’ADN et le melange PCR) et les a fusionnees avec d’autres microgouttelettes contenant les oligos. Puis, les 970 zones ciblees ont ete amplifiees par PCR. Enfin, les librairies obtenues ont ete sequencees par HiSeq2000 (Illumina), avec une couverture moyenne > 100X. Resultats Cette nouvelle technique a permis de sequencer parfaitement plus de 99 % des sequences ciblees. Les mutations causales de 42 patients ont ete confirmees. Cela inclut des mutations faux sens, non-sens, situees au niveau de sites d’epissage et des deletions [1 a 5pb]. Trois patients n’ont pu etre confirmes, ce qui est possiblement du a des problemes de detection d’insertion/deletion par les algorithmes utilises. De facon surprenante, deux patients sont en fait porteurs de plusieurs mutations potentiellement causales. Discussion La technologie Raindance combinee au sequencage de nouvelle generation est une technique prometteuse pour le diagnostic genetique des maladies metaboliques. Elle pourrait remplacer a terme le sequencage Sanger, beaucoup plus lent et 10 fois plus couteux.