Contribution du Whole-Genome Sequencing (séquençage de génome entier) dans la détection de transmissions nosocomiales de tuberculose

Le séquençage du génome complet (WGS) de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) prend une importance croissante dans le diagnostic et la recherche sur la tuberculose (TB). En raison d’une résolution supérieure par rapport au spoligotypage, au typage MIRU-VNTR et au typage RFLP IS6110 ; le WGS offre une meilleure précision pour identifier les épidémies et les transmissions. Nous rapportons 3 cas de transmission nosocomiale de M. tuberculosis chez des patients transplantés pulmonaires. Depuis l’année 2000, le laboratoire des mycobactéries de notre centre hospitalier réalise de manière systématique le génotypage des souches de Mtb isolées dans notre région par spoligotypage et typage MIRU15. De plus, depuis 2017, il a été mis en place le WGS systématique des souches de Mtb. Ces méthodes nous ont permis de signaler des transmissions inattendues de TB, sans lien épidémiologique préalablement identifié. Entre 2008 et 2010, 3 chaînes de transmission nosocomiale de TB ont été suspectées grâce à la mise en évidence des isolats de Mtb ayant le même spoligotypes, ces spoligotypes n’ayant pas été détectés auparavant par notre surveillance. Les liens épidémiologiques entre les patients précédemment diagnostiqués avec la tuberculose et ceux transplantés pulmonaires ont finalement été dévoilés par l’enquête de l’équipe d’hygiène hospitalière. Plus tard, ces transmissions nosocomiales ont été confirmées par WGS, montrant une distance génétique de 1 à 4 single-nucleotide polymorphisms (SNP) d’écart pour le groupe 1, 1 seul SNP d’écart pour le groupe 2 et 0 SNP d’écart pour le groupe 3. Par ailleurs, le typage systématique des souches de Mtb isolées dans notre laboratoire a permis l’identification d’une souche dont la transmission perdure. En effet, des isolats présentant le même génotype que le groupe 1 ont été retrouvé chez 3 autres patients en 2015, 2017 et 2018 respectivement. Le génotypage systémique du Mtb est extrêmement utile pour le contrôle et la surveillance de la tuberculose, même dans les établissements hospitaliers. Les patients tuberculeux (même faiblement contagieux) ne doivent pas être pris en charge dans les mêmes unités ni sur les mêmes plateformes techniques que les patients fortement immunodéprimés. Des études complémentaires sont nécessaires pour mieux comprendre la chaîne de transmission et le succès épidémiologique de l’isolat de Mtb du groupe 1.