猪德尔塔冠状病毒(PDCoV) RT-PCR检测方法的建立与应用

猪德尔塔冠状病毒(Porcine deltacoronavirus,PDCoV)是一种新发的冠状病毒.本研究根据PDCoV的M基因序列分析结果设计特异性引物,建立了反转录PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)检测方法,确定了其最佳反应条件并进行了特异性、灵敏性和重复性实验,同时应用该方法对四川省送检的226份临床仔猪(Sus scrofa)腹泻样品进行流行病学调查,并对人工感染PDCoV的7日龄仔猪组织器官进行了检测与分析.结果表明,建立的RT-PCR检测方法能够扩增出654 bp的M基因目的片段,其最佳退火温度为60 ℃,上下游引物量为1.75 μL,且与猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(Porcine transmissible gastroenteritis virus,TGEV)、日本乙型脑炎病毒(Japaneseencephalitis virus,JEV)、猪轮状病毒(Porcine rotavirus,RV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine respiratory and reproductive syndrome virus,PRRSV)、猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)等无交叉反应;该方法最低可检出8.82×109IU/mL的PDCoV核酸.四川226份临床样品检测结果显示,PDCoV阳性检出率为7.1％;选取阳性样品CHN-SC2015株测定M基因,与GenBank己收录的28株PDCoV的M基因进行比对,其核苷酸相似性为98％～ 100％,氨基酸相似性为99％～ 100％;PDCoV感染仔猪具有广泛的组织嗜性,在心、肝、脾、肺、肾、大肠、回肠、空肠中均有检出.本研究建立的RT-PCR法具有简单、快速和特异等优点,可用于PDCoV的临床快速检测.