Nanopore快速测序诊断饲养野猪非洲猪瘟疫情
Chinese Journal of Veterinary Parasitology（2020）
摘要
为快速确诊内蒙古阿尔山地区突发的一起饲养野猪疫情,完成未知病原的检测与鉴定,从而迅速阻击疫情,本研究采用纳米孔(Nanopore)快速测序方法,在接到样品后150 min内检测出213条非洲猪瘟病毒(ASFV)序列,覆盖28.1％全基因组序列,迅速锁定该野猪疫情是由ASFV导致.为验证快速检测的准确性和可靠性,本研究进一步使用连接测序方案对该样品进行高通量测序,共获得9.0 G数据,包含1826条ASFV序列,拼接出99％的全基因组,测序深度为5.02×,进一步确认该疫情是ASFV引起.本研究通过纳米孔测序技术迅速处置突发野猪ASF疫情,实现疫情的早期监测与防控,对阻击病毒在野猪群体中的流行具有重要意义.
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