基于常规引物靶向结核分枝杆菌Ⅱ型分枝杆菌散在重复单位的恒温扩增

目的 探讨基于特异常规引物(即引物不需折叠成特定二级结构)靶向恒温扩增重复DNA序列的方法,并测试其检测结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,Mtb)的可能性.方法 以合成的重复DNA或以抽提的细菌基因组DNA为模板,用Bst 2.0 WarmStart DNA聚合酶进行恒温扩增.用琼脂糖凝胶电泳检测扩增结果.结果 合成的重复DNA可用其特异常规引物进行恒温扩增.进一步,Mtb H37RvⅡ型分枝杆菌散在重复单位(mycobacterial interspersed repetitive units,MIRUs)可用其特异常规引物对(即ⅡMIRU-F和Ⅱ_MIRU-R)或单引物(即Ⅱ_MIRU-F)进行恒温扩增.相比于非分枝杆菌菌株、非结核分枝杆菌菌株、Mtb复合物菌株和临床分离株,ⅡMIRU-F能够高特异地扩增Mtb菌株.Ⅱ_MIRU-F针对Mtb H37Rv基因组DNA的检测下限较高,且不能特异地区分Mtb阴性痰液样本和Mtb阳性痰液样本.结论 常规引物可恒温扩增重复DNA序列(包括MtbⅡ型MIRUs);MtbⅡ型MIRUs特异引物Ⅱ_MIRU-F不适合用于痰液样本的检测.