基于GEO数据库分析circRNAs在胃癌组织中的表达

目的 通过生物信息学分析环状RNA在胃癌中的作用,以期寻找新的肿瘤标志物.方法 从GEO数据库中检索并下载胃癌组织的芯片数据,利用GEO2R在线分析工具在线分析并筛选出差异表达的环状RNA.通过数据对比,提取差异表达一致的环状RNA,然后利用miRanda软件和RNAhybrid软件预测其与miRNAs之间的相互作用.通过TCGA数据库分析亲本基因在胃癌组织中的表达.结果 通过对数据库GSE78092、GSE89143和GSE83521进行合并分析,发现差异表达的环状RNA共有498个,上调的环状RNA有125个,下调的有373个;其中至少2个数据库都存在的环状RNA有31个,3个数据库共同包含的环状RNA有2个.通过TCGA数据库分析发现,RPL13、LPHN2和PGPEP1在胃腺癌组织和癌旁组织中的表达无明显差异;而PRKCI、LAPTM4A、PTK2和PDSS1在胃腺癌组织中的表达高于癌旁组织.结论 在胃癌组织中异常表达的环状RNA将可能成为胃癌新的标志物.