幽门螺杆菌ddlA基因的克隆及生物信息学分析

目的 克隆幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,Hp)D-丙氨酸-D-丙氨酸连接酶A(D-alanine-D-alanine ligase A,DdlA)基因ddlA编码区,并对其进行测序和生物信息学分析. 方法 以MEL-Hp27菌株基因组DNA为模版,PCR扩增ddlA基因编码区;将ddlA基因与真核表达载体pcDNA3.1(+)连接,构建重组表达载体;测序获得ddlA基因序列,利用生物信息学软件对编码DdlA蛋白的理化性质、结构特点进行分析. 结果 MEL-Hp27 ddlA基因的编码区长为1 044 bp,编码347个氨基酸;编码的DdlA蛋白是一种性质稳定的亲水蛋白,相对分子质量为39.61×103,属于D-ala-D-ala连接酶N端家族;DdlA蛋白无跨膜区和信号肽,具有磷酸化位点和O-糖基化位点;二级结构中α-螺旋占36.02％,无规卷曲Cc占42.36％,延伸链Ee占18.73％,-β转角Tt占2.88％.DdlA蛋白含有7个B淋巴细胞和15个CTL细胞相关抗原表位. 结论 成功克隆了Hp27 ddlA基因,构建了该基因的真核表达载体,表达的DdlA蛋白含有B、T淋巴细胞抗原表位,为研究Hp DdlA蛋白基因在Hp感染致病及防治中的作用提供了理论依据.