猪流行性腹泻病毒AH-2018-HF1株全基因组序列测定与分析

[目的]对猪流行性腹泻病毒安徽毒株AH-2018-HF1进行全基因组测序,了解该毒株的分子生物学特征和遗传进化情况,为PEDV的进化和变异研究提供参考.[方法]从PEDV阳性病料(肠道组织)中提取RNA,反转录获得cDNA.将PEDV基因分为9段,设计相应的引物,采用分段重叠法对PEDV基因组进行分段扩增,扩增产物经克隆测序后,采用DNAstar软件拼接,获得全基因组,将此全基因序列与GenBank上公布的国内外25株PEDV毒株进行比对和分析.[结果]PCR扩增获得了4 036,3 724,2 874,3 600,3 950,4 187,3 576,2 953和1 138 bp的9条目标片段,测序拼接后获得了27 937 bp的PEDV全长基因组.AH-2018-HF1株与经典株CV777(疫苗株)全基因序列同源性为97.7％,S基因同源性为96.7％,ORF3基因同源性为90.8％.全基因组序列对比发现,AH-2018-HF1株与SD-M株同源性最高,为99.9％;与PEDV/MEX/QRO/02/2017同源性最低,为96％.S基因序列分析结果显示,AH-2018-HF1株在2 319-2 320位缺失3 bp碱基(GTT);与CV777、LZC株相比,AH-2018-HF1株在459-460位缺失3 bp碱基(ATA);和国内外变异毒株相比,AH-2018-HF1株在174-175位缺失12 bp碱基(CAGGGTGT-CAAT),在461-462位插入6 bp碱基(TGGAAA).ORF3基因序列分析结果显示,AH-2018-HF1株在245-296位有49个碱基缺失.全基因组系统进化树分析表明,AH-2018-HF1与SD-M亲缘性最近,与CV777亲缘性较近,与国内外变异毒株的亲缘关系较远;S基因系统进化结果与全基因组系统进化结果相似;ORF3基因系统进化分析结果与全基因组系统进化结果不同.[结论]AH-2018-HF1仍属于经典毒株,但存在一定的变异,表明PEDV处于不断的进化中.