肝癌细胞来源的外泌体作用正常肝细胞后差异表达环状RNA的筛选

目的 筛选肝癌HepG2细胞外泌体处理LO2细胞后差异表达的环状RNA(circRNA),并通过生物信息学预测分析其可能在肝癌发生、发展中的作用.方法 收集经HepG2细胞外泌体共同培养后的LO2细胞和正常培养的LO2细胞样本,采用Arraystar Human circRNA Arrays V2芯片检测、筛选差异表达的cir-cRNA;进行聚类分析筛选明显差异表达的circRNA,并用实时荧光定量聚合酶链反应方法进行初步验证.筛选获得的circRNA利用基因本体论和京都基因与基因组百科全书分别进行基因功能注释分析及信号通路富集分析.结果 经HepG2细胞外泌体处理的LO2细胞与正常培养的LO2细胞比较,以差异表达倍数(FC)>2且P<0.05为筛选标准,筛选出235个差异表达的circRNA,其中50个circRNA上调表达,185个circRNA下调表达.经生物信息学分析,筛选出5个明显上调的circRNA(hsa_circRNA_0010044、hsa_circRNA_009012、hsa_circRNA_101016、hsa_circRNA_100917、hsa_circRNA_007918)和5个明显下调的circRNA(hsa_circRNA_002082、hsa_circRNA_103128、hsa_circRNA_092388、hsa_circRNA_007343、hsa_circRNA_071935).这些cir-cRNA经HepG2细胞外泌体处理后的LO2细胞中的表达水平与筛选结果一致.被富集的宿主基因主要参与蛋白质结合、细胞周期、转录调节、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路等.结论 筛选出5个明显上调和5个明显下调与肝癌发生、发展相关的circRNA.