柯萨奇病毒A组4型分离株全基因序列分析

目的 分析1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株的全基因组序列和系统进化特征.方法 使用细胞培养法对肠道病毒阳性标本中的病毒进行分离.提取病毒RNA,通过RT-PCR法分段扩增全基因组,经测序、比对和组装后获得CV-A4分离株的全基因组序列.利用MEGA7.0软件分别基于全长VP1序列和全基因组序列构建系统发育树;使用Geneious Prime 2020.1.2软件对全基因组及编码区各区段的核苷酸和氨基酸序列同源性进行分析,并对编码区氨基酸变异情况进行比较分析.结果 从人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞上分离到1株CV-A4分离株,命名为R09220/YN/CHN/2009.基于全长VP1序列的系统进化分析显示,该分离株属于C2基因亚型.在全基因组核苷酸序列上与其同源性最高的是CV A4毒株CVA4/SZ/CHN/09(核苷酸为95.4％,氨基酸为98.7％).与C2基因亚型内16株CV-A4代表株的全序列核苷酸相似性为88.4％～95.4％,氨基酸序列相似性为97.5％～98.7％.通过比较C2基因亚型内的23株CV-A4分离株的全基因组氨基酸序列,R09220/YN/CHN/2009共存在23个氨基酸变异位点,其中10个为其独有的变异位点.结论 R09220/YN/CHN/2009为肠道病毒CV-A4,属于C2基因亚型,该亚型在中国大陆流行的CV-A4病毒中占据优势地位.