鸡前脂肪细胞分化中环状RNA相关ceRNA网络构建

环状RNA(circular RNA,circRNA)作为竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,ceRNA)在细胞分化调控中发挥着重要作用.circRNA和其相关的ceRNA调控网络在鸡(Gallus gallus)前脂肪细胞分化中的功能和调控机制尚不清楚.本研究利用RNA-seq技术分析了鸡前脂肪细胞分化过程中circRNAs、miRNAs和mRNAs的表达,利用生物信息学方法筛选差异表达circRNAs、微小RNA(microRNAs,miRNAs)和mRNAs,并构建circRNA相关的ceRNA调控网络,筛选重要的circRNA相关ceRNA调控关系对.结果显示,在鸡前脂肪细胞中鉴定到4904个circRNAs,在前脂肪细胞分化过程中分别筛选到143、145和660个差异表达的circRNAs、miRNAs和mRNAs.基于基因表达相关性分析和靶关系预测,成功构建了circRNA相关的ceRNA网络,并利用qRT-PCR筛选到12个候选circRNA-miRNA-mRNA关系对,其在鸡前脂肪细胞分化中可能发挥重要调控作用.本研究为进一步解析circRNA调控鸡脂肪沉积的机理提供了参考,同时丰富了鸡脂肪沉积遗传调控理论.