结肠腺癌预后相关竞争性内源性RN A网络的构建及免疫治疗反应分析

目的:利用生物信息学工具在结肠腺癌中(COAD)构建预后相关竞争内源性RNA(ceRNA)网络并进行综合分析.方法:从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载COAD的RNA测序(RNA-seq)数据和miRNA测序(miRNA-seq)数据及相应的患者临床信息,筛选差异表达的mRNAs(DEmRNAs)、lncRNAs(DElncRNAs)和miRNAs(DEmiRNAs).对所有DEmRNAs进行功能和通路富集分析,以及蛋白互作网络(PPI)分析.根据这些差异RNAs之间的调控关系构建了COAD的ceRNA网络.用Kaplan-Meier曲线评估差异RNAs对COAD患者总生存率(OS)的影响,结合患者相关的临床信息分析差异基因的表达模式与其他临床特征之间的相关性.用c-bioportal和TIMER数据库分析DElncRNAs与免疫相关分子及浸润细胞的关系.结果:我们构建的ceRNA网络中有5个DElncRNAs(C2orf48、HOTAIR、KCNQ1OT1、LINC00355和MIR31HG)、2个DEmiRNAs(miR-145和miR-152)和6个DEmRNAs(FAM46C、FJX1、MACC1、SLC16A9、TPM2和ULBP2)与患者的OS显著相关.此外,预后相关lncRNAs中有4个被证实还与其它某些临床特征相关,KCNQ1 OT1、MIR31 HG和PD-L1表达之间也存在显著相关性.结论:本研究在COAD中构建了一个新的ceRNA调节网络,并确定了C2orf48、HOTAIR、KCNQ1OT1、LINC00355和MIR31HG可作为COAD潜在标志预后、靶向治疗以及免疫治疗反应的生物标志物.