基于RNA-seq技术挖掘鹌鹑羽色自别雌雄相关基因

鹌鹑的羽色自别雌雄现象是由性染色体上的基因决定的,但具体的分子机制未知.本研究以北京白羽公鹌鹑和朝鲜栗羽母鹌鹑为研究对象,利用RNA-seq技术分析了F1公鹑和F1母鹑胚胎期第10天皮肤组织样品的转录组,以筛选调控鹌鹑羽色自别雌雄的关键基因,并利用qRT-PCR技术进行验证.结果表明:RNA-Seq共得到38.94 G的原始数据,平均每个样本获得了6.49 G的原始数据,6个库的Q30均在90％以上,GC含量平均值为49.7％,所测样品至少89％的reads比对到参考基因组上.通过数据库比对共得到16013个基因,其中,上调基因69个,下调基因22个.GO富集分析发现有13841个基因注释到GO数据库中,其中包含78个差异表达基因.KEGG富集结果显示,有22个差异基因富集到38条通路中.对全部差异基因进行筛选,得到了7个与羽色表型相关的基因,分别是DCT、MLANA、SLC45A2、TYRP1、TRPM1、FAM174A和KIT.qRT-PCR结果表明,候选基因均在栗羽鹌鹑中高表达,与RNA-seq结果一致,这7个候选基因可能与自别雌雄有关.