巨石斑鱼与斜带石斑鱼线粒体基因组测序及物种有效性分析

为从分子水平阐明巨石斑鱼(Epinephelus tauvina)与斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)的物种有效性及分类地位,本研究采用PCR扩增和测序的方法获得巨石斑鱼和斜带石斑鱼线粒体基因组全序列,对两基因组结构特征及序列差异进行比较分析.研究表明,巨石斑鱼与斜带石斑鱼的线粒体全长分别为16787和16798 bp,序列共存在11 bp长度差异.两种石斑鱼线粒体基因组全序列由13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和一段非编码控制区(D-loop区)组成.对两种石斑鱼线粒体基因组13个蛋白编码基因、2个rRNA及D-loop区等分子标记序列比对分析可知,两种石斑鱼16个基因序列遗传距离差异在5.9％(16S rRNA)～40.6％(D-loop)之间,这揭示了巨石斑鱼与斜带石斑鱼在分子水平上存在较大遗传差异,超出了种以上的分化水平.基于12个蛋白编码基因构建的分子系统进化树显示,巨石斑鱼与蜂巢石斑鱼(Epinephelus merra)聚为一支,斜带石斑鱼与马拉巴石斑鱼(Epinephelus malabaricus)聚为一支,两者位于不同的分支类群,进化地位相对较远.研究结果表明,两种石斑鱼虽然外部形态特征极为相似,但分子水平存在巨大差异,亲缘关系较远,两者不能混淆为同一物种.