猪TRIM3基因克隆、生物信息学及组织表达分析

[目的]克隆大白猪三基序结合蛋白3(tripartite motif-containing 3,TRIM3)基因,并对其进行生物信息学和组织表达分析.[方法]采用PCR技术扩增并克隆大白猪TRIM3基因CDS全长序列,连接pMD18-T载体并转化大肠杆菌DH5α感受态细胞,通过蓝白斑筛选阳性克隆,菌液PCR鉴定后测序,与不同物种TRIM3基因序列比对并构建系统进化树;应用多种在线软件对其编码蛋白进行生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR方法检测TRIM3基因在大白猪不同组织中的相对表达量.[结果]大白猪TRIM3基因CDS序列全长2 235 bp,编码744个氨基酸.相似性和遗传进化分析结果显示,大白猪与野猪的相似性最高,达99.7％,与鸭的相似性最低,为75.1％;大白猪TRIM3基因与野猪先聚为一类,与牛和山羊亲缘关系较近.生物信息学分析显示,大白猪TRIM3蛋白分子质量为80.58 ku,理论等电点(pI)为8.32,不稳定系数为40.85,为亲水性蛋白,但不是分泌蛋白,无糖基化位点,预测其有60个磷酸化位点,主要存在于细胞质内;在TRIM3蛋白二级结构中以无规则卷曲为主,占41.67％,三级结构模型预测结果与二级结构一致.组织表达分析表明,大白猪TRIM3基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉、气管、结肠中均有分布,肺脏中表达量最多且显著高于其他组织(P＜0.05).[结论]本研究成功克隆大白猪TRIM3基因CDS全长序列,并进行了生物信息学和组织表达分析,为进一步研究大白猪TRIM3蛋白的免疫学功能提供理论依据,对探究大白猪TRIM3基因参与先天性免疫和抗病毒感染分子机制具有重要意义.