盐城市流感样病例核酸阴性标本中肠道病毒病原谱及VP1基因特征

目的 研究盐城市流感样病例(influenza-like illness,ILI)核酸阴性标本中肠道病毒病原谱构成,以及不同基因型肠道病毒的分子进化特征.方法 采集2017年9月-2018年1月盐城市ILI咽拭子559份进行流感病毒核酸检测,采用半巢式PCR扩增进行肠道病毒检测,扩增PCR产物经电泳确认后测序,拼接序列与GenBank数据库中的序列BLAST比对进行肠道病毒的分型,采用一步法RT-PCR方法扩增不同基因型肠道病毒的VP1基因并进行测序分析,采用生物信息软件分析不同血清型肠道病毒核苷酸和氨基酸同源性以及基因分子进化特征.结果 559份ILI咽拭子中流感病毒核酸阳性率为11.45％;495份流感病毒核酸阴性标本中,肠道病毒核酸阳性检出率7.88％(39份),有CVA2、CVA5、CVA10等3个血清型,以CVA2型为优势血清型(占82.05％).分子进化分析显示:CVA2型肠道病毒盐城株聚集成簇单独构成一传播分支,位于分支Lineage2基因群,与我国香港重组株431306株(JX867333)不在同一进化分支;CVA5型肠道病毒盐城株聚集成簇,与浙江温州代表株(KP289362)位于同一进化分支;CVA10型肠道病毒盐城株和盐城市2016-2017年手足口病代表株聚集成簇,与国内主流代表株亲缘关系相近,位于进化分支Lineage2基因群.结论 盐城市流感流行高峰期流感病毒阴性标本中肠道病毒感染占一定比例,应加强动态监测、完善病毒谱,并重点关注能引起呼吸道重症的血清型.