骨肉瘤铁死亡相关非编码RNA基因预测及免疫浸润

[目的]探讨预测铁死亡相关lncRNA,并构建骨肉瘤(osteosarcoma,OS)预后预测模型及其竞争性内源RNA(com-peting endogenouse RNA,ceRNA)调控网络.[方法]从大型数据库TARGET下载高通量测序数据及对应的临床数据.运用R软件过滤低丰度基因并整理对应的临床信息后获得85例测序数据,提取lncRNA和FRGs.基因本体论(GO)功能和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.对最终筛选得到的lncRNA、miRNA以及FRGs基因进行Spearman相关性分析.[结果]从TARGET-OS数据集中提取到7 658个lncRNA和175个FRGs,得到了 1 158个与铁死亡显著相关的lncRNA.GO分析结果表明,CC主要包括细胞外基质组织、成骨、细胞-基质粘附、受体介导的内吞作用;BP主要包括细胞-基底连接、黏着斑、含胶原蛋白的细胞外基质、细胞接触前缘、游离核糖体.发现lncRNA PVT1与miRNA(hsa-miR-106a-5p,hsa-miR-17-5p,hsa-miR-20a-5p)有确定结合靶点,进一步分析发现,lncRNA PVT1基因与OS免疫有关(R=-0.27,P=0.014).高风险组PDCD1LG2和CD27表达量低于低风险组(T-test,P＜0.05).[结论]铁死亡相关lncRNA预后模型具有较好的预测能力,为优化OS的管理提供了依据.铁死亡相关lncRNA ceRNA网络,可能为OS发生发展的分子机制提供有价值的数据支持.