La combinaison de cartographie de signatures de sélection, de re-séquençage de génomes et d'analyses d'expression révèle PARK2 et JAG2 comme nouveaux genes candidats régulant l'adiposité

Tres peu de genes responsables de la variation de caracteres quantitatifs ont ete identifies par les methodes de cartographie de QTLs (Quantitative Trait Loci) en raison de la grande taille de ces regions. La plupart des genes identifies jusqu’alors l’ont ete en raison d'un lien fonctionnel deja connu avec le phenotype cible. Cette etude propose de combiner des approches de detection de QTLs et de signatures de selection, d’annotation de SNPs, et d’analyses d'expression pour faciliter l’identification des genes causaux sous-jacents aux regions QTLs. L’etude a ete menee sur des lignees experimentales de poulets selectionnees de facon divergente pour un seul caractere complexe, le poids de gras abdominal, et pour lesquelles plusieurs QTLs ont deja ete cartographies. En utilisant une nouvelle approche statistique exploitant des densites tres elevees de SNPs et basee sur les frequences haplotypiques, nous avons identifie 129 signatures de selection. La plupart des QTLs co-localisent avec au moins une signature de selection ; cette co-localisation reduit alors considerablement la taille de ces regions QTLs. Certaines de ces regions ne contiennent plus qu’un seul gene, faisant de ces derniers de serieux candidats sans aucun a priori fonctionnel. Nous nous sommes ensuite focalises sur deux de ces regions QTLs particulierement reduites en taille. L'absence de SNP non-synonyme dans les regions codantes suggere fortement l'existence de mutations causales agissant en cis sur l’expression des genes associes a ces regions. L’analyse de l'expression de ces genes dans les lignees divergentes de poulets mais aussi dans des modeles murins genetiquement contrastes pour l’adiposite confirme leur liaison avec le phenotype d’interet. Cette etude montre pour la premiere fois l'interet de combiner des approches basees sur la detection de traces de selection, l’annotation de SNPs et l’analyse d'expression dans des lignees divergentes selectionnees pour un caractere specifique et met en evidence deux nouveaux genes JAG2 et PARK2 comme de potentiels regulateurs cles, negatif et positif respectivement, de l'adiposite chez le poulet et la souris.