Analyse de la méthylation d’ADN sur puces : étude comparative d’échantillons de tissus congelés et tissus FFPE

Les etudes de methylome permettent de mesurer sur l’integralite du genome les niveaux de methylation des sites CpG qui conditionne l’expression des genes dans chaque cellules et sont realisees a partir de tissus cryo-preserves ou fixes. En clinique, la methode de fixation dans le formol et d’inclusion dans la paraffine (FFPE) represente un moyen incontournable de conservation des biopsies. L’etude du methylome a partir des ADNs extraits de tissus FFPE,souvent degrades en raison des conditions de fixation et d’inclusion des tissus, reste un defi. Plusieurs techniques d’analyse de methylation ont ete developpees dont la puce Infinium Methylation EPIC (850K) d’Illumina. Cette puce commercialisee depuis 2015, permet d’analyser 850 000 sites de methylation repartis sur l’ensemble du genome humain. Afin d’ameliorer la qualite des ADNs issus de materiel conserve par FFPE et par consequent la reproductibilite de la methode, une optimisation de protocole par une etape de « restauration » a ete introduite. Dans une etude pilote, nous avons compare par puce Illumina Infinium Methylation EPIC, le methylome de tumeurs cerebrales ayant ete conservees en parallele par congelation et en paraffine dans le but d’optimiser l’analyse du methylome sur tissus FFPE. Nous avons donc compare des paires de biopsies tumorales : Cryo-preservees versus FFPE. Les resultats montrent une distribution des valeurs β des niveaux de methylation similaire entre les echantillons FFPE et leurs paires congelees, bien que les intensites des sondes soient plus faibles dans le cas des tissus FFPE degrades par rapport aux congeles ; elles restent neanmoins exploitables. La correlation des paires FFPE-congeles reste elevee sur la base des valeurs β des sondes filtrees sur les SNP (r2 moyen = 0.92, intervalle entre 0.86 et 0.98). Une correlation est aussi observee au niveau des intensites des sondes qui s’hybrident sur le chromosome Y et qui permettent de valider l’appartenance au meme sexe des echantillons apparies. Cependant, sur la base des valeurs β de l’ensemble des sondes, la correlation est faible entre certains echantillons apparies. Cela est probablement lie a la composition cellulaire entre la composante congelee et celle incluse en paraffine. Ces resultats suggerent que les tissus FFPE peuvent etre utilises, apres realisation du protocole de restauration d’Illumina, pour l’analyse de la methylation par puces EPIC. Ces analyses ont par ailleurs permis l’identification de differentes sous classes de tumeurs dans les tissus FFPE et congeles et devraient aider a la caracterisation encore en cours de potentiels marqueurs de diagnostic et de pronostic. Cette etude pilote sur tissus FFPE realisee en collaboration avec le Dr Franck BIELLE (ICM), nous permet de proposer une nouvelle prestation sur notre plateforme, l’analyse de la methylation sur les echantillons FFPE. Cette nouvelle offre complete le catalogue de puces a ADN de la plateforme P3S.