东南大学信息科学工程学院之前身为南京工学院无线电工程系，其悠久厚重的历史可追溯至1923年的国立东南大学工科电机工程系。1928年国立东南大学电机工程系更名为国立中央大学电机工程系。1932年，陈章先生来到中央大学电机工程系任教授，并于1936年起担任系主任，在此期间开创了我国无线电教育之先河。1952年，在全国高等学校的院系调整中，建立了南京工学院，电机工程系分设为电力工程系和电信工程系；后又有相关院校的电信系并入，建立了无线电工程系。陈章教授担任首任系主任。1956年，约有三分之一的教师调去成都支援新建的成都电讯工程学院（现电子科技大学）。1961年，电真空器件专业从无线电工程系分出，单独成立了电子器件系（现东南大学电子科学与工程学院）。2006年，无线电工程系更名为信息科学与工程学院。2018年4月，“信息安全”学科从学院分出，和相关学院组建成立网络空间安全学院。学院现有“电子科学与技术”、“信息与通信工程”2个国家一级重点学科，并设有2个一级学科博士学位授权点及博士后流动站，涵盖“通信与信息系统”、“电磁场与微波技术”、“信号与信息处理”、“电路与系统”等4个国家二级重点学科。2017年，“电子科学与技术”学科和“信息与通信工程”学科双双列入国家“双一流”学科建设名单，第四轮全国高校学科评估结果分别为A和A-。
