南京大学匡亚明学院的发展先后经历了少年部（1985年），基础学科教学强化部（1989年），基础学科教育学院（1998年），到被更名为匡亚明学院（2006年）四个阶段，时间跨度已30年。作为南京大学乃至教育部教育改革和杰出人才培养的创新试点单位，硕果累累，取得了卓著的成功。先后培养了匡亚明学院本院1800余名高素质、高水平从事物理、数学、化学、生物和相关交叉学科科学研究型以及从事行政管理、金融服务、科技企业等领域应用型的青年人才。他们中有许多已成为国内外知名学者和高级专家。另一方面，其“以重点学科为依托，按学科群打基础；以一级学科方向分流，贯通本科和研究生教育”大理科培养模式，已在国内甚至国际上产生了重要影响。匡亚明学院的创新办学模式、优秀人才培养成果和经验以及与培养模式相匹配的教材著作等，先后多次获国家级教学成果奖，江苏省特等奖等多个集体奖项以及10多项个人奖项，为南京大学进行本科教学“三三制”改革的实施打下坚实的基础，在国内高校起了明显的示范作用。 南京大学匡亚明学院理科强化班以南京大学少年班为前身。1985年，在有识之士的推动下，南京大学成立少年班，尝试少年英才的培养，并面向全国招生。1989年，在原国家教委关于保护和加强基础学科的精神指导下，南京大学设立系级建制的基础学科教学强化部。1993年成为国家理科基础科学人才培养基地—多学科综合点（大理科试验班）。1998年，为进一步推广强化部的办学模式，作为南京大学在教学改革方面迈出的重要一步，南京大学组建了基础学科教育学院。基础学科教育学院的成立是南京大学培养有创新意识和创新能力的符合新时代要求的新型基础学科人才的一项重要举措。2006年3月, 在我国著名的马克思主义思想理论家、教育家、社会活动家，南京大学老校长匡亚明诞辰100周年之际，为继承和发扬南京大学老校长匡亚明先生的教育思想和办学理念，进一步推进通识教育的办学思想和教育理念，南京大学决定将基础学科教育学院更名为匡亚明学院。2007年起，作为国家级国际化复合型大文科创新人才培养实验区的应用文科强化班也被吸纳入匡亚明学院实施统一管理并组织教学。2009年理科强化班入选南京大学基础学科拔尖学生培养试验计划。目前，匡亚明学院作为南京大学推进通识教育的试点单位，设置有大理科强化班和应用文科强化班（因学科调整，应用文科强化班于2013年起暂停招生 ）。在理科方面，实施国家有关基础学科拔尖人才培养计划，专注具有大理科特色的基础学科如物理、数学、化学、生物及其交叉学科后备研究型精英人才的培养。在应用文科方面，专注与新闻、法学和经济学相关的精英人才培养。以“以重点学科为依托，按学科群打基础，以一级学科分方向，贯通本科和研究生教育”为模式，以“创新本科通识教育和研究性教学、强化科学研究基本训练、推进国际化合作培养，提升政治思想品德教育，探索个性化人才培养，使高素质创新拔尖人才脱颖而出”为途径，以“培养具有良好科学精神、人文素养、宽厚学科基础、突出创新能力的拔尖人才”为目标。
