Obesite et activite physique recouvrent deux domaines interdependants. Le comportement sedentaire (inactivite physique) est considere actuellement comme un element fondamental dans la prise de poids au cours du temps et donc dans la prevention de l'obesite. L'activite physique module egalement de facon importante le developpement des principales comorbidites de l'obesite (pathologie cardiovasculaire, diabete de type 2...) et augmente le risque de mortalite totale et cardiovasculaire dans la population generale. Enfin, la reduction de la sedentarite parallelement a la promotion et au suivi d'une activite physique reguliere font partie des elements de base du traitement de l'obesite et de ses complications, en association avec les autres moyens d'une prise en charge globale [2]. La nutrition du sportif mise a part, la recherche en nutrition et celle dans le domaine de l'activite physique, qu'il s'agisse d'approches epidemiologiques, physiologiques ou cliniques, representent le plus souvent des disciplines bien distinctes. Dans le cas particulier de l'obesite, la necessite d'une approche integree est evidente. Nous exposerons differentes notions generales sur la sedentarite et l'activite physique, puis nous envisagerons le role de la sedentarite, en particulier en association avec les habitudes alimentaires, dans le gain de poids et le developpement de l'obesite chez l'adulte.
La tuberculose est restee un probleme majeur de sante publique dans de nombreux pays. Elle est encore aujourd'hui responsable de trois millions de morts chaque annee dans le monde [27]. Ce sont les pays pauvres qui payent le plus lourd tribut. Lincidence de la tuberculose a en revanche considerablement diminue dans de nombreux pays industrialises qui ont beneficie d'une politique de sante volontariste permettant de detecter les malades et de les traiter gratuitement en s'assurant du suivi de leur traitement et du maintien de leur moyen de subsistance. Il existe en effet un traitement antibiotique efficace. Il consiste en l'administration de trois antibiotiques (rifampicine, isoniazide et pyrazinamide) pendant deux mois, suivie de deux antibiotiques (rifampicine et isoniazide) pendant quatre mois. L'administration d'antibiotiques de facon anarchique est la cause de l'apparition de souches de Mycobacterium tuberculosis resistantes, voire multiresistantes, aux antibiotiques. Lincidence de tuberculoses multiresistantes est remarquablement elevee dans plusieurs pays de l'Europe de l'Est et plusieurs epidemies de tuberculoses resistantes a plus de quatre antibiotiques ont ete decrites au cours des dix dernieres annees, en particulier l'epidemie a M. tuberculosis souche W responsable de plus de 350 cas aux Etats-Unis, avec un taux eleve de mortalite [7]. Ces donnees epidemiologiques montrent les difficultes a eliminer la tuberculose sans un vaccin efficace. Le BCG, bacille de Calmette et Guerin, est le seul vaccin utilise pour proteger contre la tuberculose. Decouvert au debut du XX e siecle, il est la source de controverses. Il protege le jeune enfant contre les formes graves de tuberculose (en particulier les meningites) [29]. En revanche, la protection qu'il confere chez l'adulte contre les formes pulmonaires s'est averee variable suivant les differents essais de vaccination effectues dans differentes regions du monde [13]. Le BCG est une culture de Mycobacterium bovis, l'agent de la tuberculose bovine, qui a perdu sa virulence au cours de passages successifs. Comme tout vaccin vivant, il ne peut pas etre administre a des personnes souffrant d'immunodepression. Dans les pays ou l'incidence de la tuberculose a considerablement diminue (inferieure a 10/100 000), la vaccination BCG est progressivement abandonnee, les benefices de cette vaccination devenant faibles par rapport a l'incidence des effets secondaires. Le BCG va continuer a etre utilise dans les regions du monde ou l'incidence tuberculeuse est elevee afin d'eviter les formes graves chez le jeune enfant. Mais il devient urgent de lui ajouter d'autres vaccins permettant d'eviter les tuberculoses pulmonaires chez l'adulte. De nombreux laboratoires sont engages dans la recherche de nouveaux candidats vaccins. En Europe, un consortium reunit 38 laboratoires de specificites complementaires et soutenus par la Commission europeenne (http : //www.pasteur.fr/EC―TBvaccine/). Prochainement, au moins deux candidats vaccins seront testes chez l'homme dans des essais de phase I. Meme si la protection que ces nouveaux vaccins conferent aux animaux de laboratoires est inferieure a celle conferee par le BCG, la combinaison des deux vaccins est importante a tester dans le but du renforcement de l'immunite antituberculeuse chez des adultes vaccines par le BCG dans leur enfance.
La recherche d'un vaccin contre le virus du syndrome d'immunodeficience acquise humaine (VIH) donne souvent l'impression de pietiner. Vingt-et-un ans apres l'emergence de la maladie, un candidat vaccin seulement est en phase III depuis trois ans ; un deuxieme devrait y acceder l'annee prochaine. La plupart des autres candidats vaccins en sont au stade d'etudes precliniques, ou en phase I. On denombre pourtant plus de 30 candidats vaccins deja testes chez l'homme dans quelque 70 etudes de phases I/II sur plus de 10 000 volontaires repartis entre les Etats-Unis et l'Europe, ainsi qu'en Chine, Thailande, Kenya et Ouganda. D'enormes progres ont ete accomplis dans la connaissance du virus et de la reponse du systeme immunitaire a l'infection [31]. La demonstration qu'un virus de l'immunodeficience simienne (SIV), attenue par deletion d'un de ses genes, le gene nef (SIV Δnef), constituait un vaccin vivant capable de conferer au singe une protection solide contre une epreuve virulente avec du virus homologue [3, 15] ou meme heterologue [40], a suscite un grand espoir et conduit a penser que l'obtention d'un vaccin contre le VIH etait du domaine du possible. L'etude de ce vaccin a permis de montrer l'importance des reponses des lymphocytes T CD8 + dans la protection contre la maladie [29]. Cette notion a ete renforcee par l'etude des femmes qui, en depit de contacts sexuels repetes avec des partenaires infectes par le VIH, demeurent seronegatives, et chez qui on ne peut pas mettre de virus en evidence, meme par tests PCR (polymerase chain reaction). C'est le cas de pres de 5 % des prostituees qui ont ete suivies en Gambie [65], ou au Kenya [64], et des couples serologiquement discordants (homme seropositif, femme seronegative). La plupart de ces personnes exposees et seronegatives montrent des reactions T CD8 + anti-VIH, notamment des lymphocytes T cytotoxiques (CTL, cytotoxic T lymphocyte). Celles qui perdent leurs CTLs s'infectent rapidement et deviennent seropositives. Il etait donc logique que la nouvelle generation de vaccins en developpement capitalise sur ces observations: ces vaccins sont concus pour induire une reponse T CD8 + (reponse de type Th1, Thelper 1). Les principaux de ces vaccins sont les vaccins vivants recombinants a base de vecteurs viraux ou bacteriens, les vaccins a base d'ADN nu et les vaccins a base de lipopeptides. Une nouvelle voie de recherche basee sur l'emploi des proteines virales non structurales Tat, Rev et Nef a aussi ete exploree, et des resultats preliminaires interessants ont ete obtenus dans les modeles animaux. Et pourtant, le chemin a parcourir jusqu'a l'obtention d'un vaccin anti-VIH efficace et simple a administrer parait encore tres long.
Traditionnellement, l'implication de l'OMS dans la vaccination se refere a la mise en place en 1974, apres le succes de l'eradication de la variole, du Programme elargi de vaccination (PEV). A cette epoque, ce programme s'est developpe autour des vaccins disponibles contre les maladies ayant un impact majeur en sante publique : la tuberculose, la diphterie, la coqueluche, le tetanos, la poliomyelite et la rougeole. Depuis ce temps, les pays en voie de developpement ont etabli des services de vaccination, faisant partie de leurs systemes de sante, qui ont permis d'accroitre la couverture vaccinale globale de 20 % a environ 80 % au debut des annees 1990. Depuis lors, la couverture globale a stagne et meme diminue dans certaines regions. D'importantes differences persistent entre les taux de couverture des trois doses de vaccin contre la diphterie, le tetanos et la coqueluche (DTC3), taux qui varient de 50 % dans la region de l'Afrique sahelienne a 90 % pour l'Asie de l'Est et le Pacifique (figure 1). Au debut du XXI e siecle, l'utilisation de la couverture vaccinale comme l'un des indicateurs phare du statut de developpement des systemes de sante et pour l'octroi de prets au developpement, a permis d'elever l'interet politique et economique de la vaccination au niveau mondial. La creation de l'Alliance globale pour les vaccins et l'immunisation (GAVI), avec le support du Fonds mondial pour les vaccins de l'enfance, presente une nouvelle opportunite qui devrait permettre l'acceleration de l'acces des pays en voie de developpement aux vaccins deja utilises dans les pays industrialises.
Le paludisme est la premiere maladie parasitaire humaine. Son poids en sante publique est considerable. En Afrique, le continent le plus touche, 30 % des admissions hospitalieres en pediatrie et 40 % des consultations en dispensaire ont pour cause le paludisme. L'Organisation mondiale de la sante (OMS) denombre entre 100 et 300 millions de cas par an, dont dix millions d'acces pernicieux. La mortalite est elevee, environ deux millions de deces par an. Plus de 40 % de la population mondiale vit dans des zones a risque, mais, du fait des voyages, des pays ou il n'y a pas transmission ne sont pas epargnes. Par exemple, en France metropolitaine, on compte 6 000 cas de paludisme par an. Malgre un acces aux soins sans commune mesure avec ce qui prevaut dans de nombreuses zones d'endemie, on deplore 250 cas de paludisme grave et 20 deces par an, en general dus a des retards au diagnostic. Dans un departement d'outre-mer comme la Guyane francaise, le paludisme est endemique, avec plus de 5 000 cas par an pour environ 150 000 habitants. La situation est extremement preoccupante, parce que les moyens de lutte dont nous disposons a l'heure actuelle sont menaces : resistances multiples des parasites aux medicaments, extension progressive de la resistance des moustiques aux insecticides, infrastructures inadequates et difficultes economiques pour deployer les moyens de lutte tels que les moustiquaires impregnees. En Afrique rurale, une proportion importante des acces sont traites a domicile. Laccroissement de la resistance des parasites a des medicaments peu chers, accessibles et largement distribues dans les zones les plus reculees retarde le traitement et augmente considerablement le risque d'acces grave et d'issue fatale [31]. Dans un tel contexte, la vaccination devrait avoir un impact important en sante publique. Le developpement de vaccins est donc d'une grande urgence. C'est la raison pour laquelle, ces dernieres annees, des efforts importants ont ete consacres a la recherche de vaccins contre le paludisme. Certaines de ces recherches ont eu une publicite injustifiee, qui a provoque agacement et impatience devant des resultats parfois decevants, et instille le doute sur la faisabilite d'un vaccin. C'est oublier que le developpement de vaccins est une oeuvre de longue haleine, qui necessairement comporte son lot d'echecs et de victoires. De fait, des progres considerables ont ete realises au cours de la derniere decennie. Le propos de cette revue n'est pas de faire une description exhaustive des essais vaccinaux realises, mais plutot de decrire, a la lumiere des progres recents, les obstacles et les defis auxquels se heurte la mise au point de vaccins, et de faire une relecture critique des demarches vaccinales utilisees a l'heure actuelle.
Les nouvelles connaissances engendrées par la disponibilité des génomes entiers sont encore en partie du domaine de l'inconnu, essence même de la recherche. En revanche, une des exigences soulevées par cette nouvelle discipline est d'ores et déjà manifeste : il s'agit de la quantité et de la diversité des informations générées, et des contraintes d'organisation que celles-ci imposent. Ainsi, au cœur de la révolution génomique, les banques et les bases de données jouent un rôle central. Plutôt que de dresser un catalogue exhaustif et fastidieux des bases de données génomiques microbiennes existantes, cet article vise à présenter les concepts et les méthodes qui permettent l'élaboration de tels outils, et les défis posés par la genèse de ce qui se trouve au cœur même de ces bases de données : les annotations génomiques. Le lecteur est invité à se reporter aux bases de données listées dans le tableau 1, ainsi qu'aux sites World-Wide Web présentant de telles listes, afin d'évaluer plus en détail la pertinence et l'usage qui peut être fait, en fonction de ses besoins, de telle ou telle base de données spécifique. Après une courte introduction sur les concepts informatiques sous-jacents, nous verrons donc le type d'informations que gèrent ces bases de données et les difficultés que cela pose, en terminant par une illustration à l'aide de quelques exemples.
Au cours des quinze dernières années, le développement considérable du séquençage de l'ADN génomique a permis la publication, dès 1995, des premiers génomes complets de microorganismes procaryotes [8] et de celui de la levure Saccharomyces cerevisiae [13]. Pour la première fois, les scientifiques ont eu accès à l'ensemble des éléments permettant l'élaboration et le fonctionnement d'une cellule. En conséquence, l'utilisation de méthodes d'analyse globale encore appelées « analyse à grande échelle å s'est largement accrue [15]. Ainsi, au lieu d'étudier les gènes ou les protéines individuellement, les profils des organismes peuvent maintenant être dressés dans leur intégralité. En particulier, l'analyse de l'ensemble des transcrits d'une cellule ou « transcriptome å [34] permet de quantifier simultanément l'expression des gènes dans une cellule entière [23]. Grâce à ces nouvelles données, la compréhension des réseaux de régulation dans la cellule et/ou l'étude de la variabilité génétique trouvent un nouvel essor. Au stade actuel, il nous paraît important de faire le point sur les applications potentielles et les avancées technologiques de cette approche novatrice.
Toxoplasma gondii is a cosmopolitan zoonotic parasite and nowadays considered as an emerging neozoan pathogen in the marine environment. Cetacean innate immune reactions against T. gondii stages have not yet been investigated. Thus, T. gondii tachyzoites were utilized to trigger neutrophil extracellular traps (NETs) in bottlenose dolphin (Tursiops truncatus) polymorphonuclear neutrophils (PMN). Scanning electron microscopy unveiled T. gondii tachyzoites as potent and rapid inducers of cetacean-derived NETosis. Co-localization of extracellular chromatin with global histones, granulocytic myeloperoxidase and neutrophil elastase confirmed classical characteristics of NETosis. Interestingly, different phenotypes of NETs were induced by tachyzoites resulting in spread, diffuse and aggregated NET formation and moreover, ‘anchored’ and ‘cell free’ NETosis was also detected.Current data indicate that cetacean-derived NETosis might represent an early, ancient and well-conserved host innate defense mechanism that not only acts against T. gondii but might also occur in response to other closely related emerging apicomplexan parasites affecting marine cetaceans.
En moins d’un demi-siècle, le nombre des vaccins utilisés en pratique médicale quotidienne s’est considérablement accru et le calendrier vaccinal n’a pas cessé de se compléter et de se modifier depuis les quinze dernières années. En France, les vaccins ont bénéficié d’une bonne réputation, réputation historique, issue des découvertes de Louis Pasteur et de ses élèves. Notre propos n’est pas de retracer l’historique de chaque vaccin mais de décrire le programme vaccinal français actuel. La vaccinologie est devenue une discipline à part entière et qui regroupe toutes les sciences qui gravitent autour du vaccin, à savoir l’immunologie, la pharmacologie, l’épidémiologie, la santé publique, etc. Les récentes modifications du calendrier vaccinal que l’on a connues ces dernières années illustrent clairement la complexité actuelle des vaccins.
Limpact de la genomique sur le developpement de nouveaux vaccins est deja une realite tangible. La disponibilite de sequences genomiques issues d'agents infectieux permet, par le biais d'une analyse in silico, de selectionner une liste restreinte de molecules potentiellement antigeniques, qui pourront ensuite etre testees pour validation dans des modeles experimentaux animaux. Dans cette optique, l'analyse bio-informatique des sequences nucleotidiques doit etre completee par une strategie de criblage des antigenes preselectionnes impliquant un choix de methode d'expression approprie, lui-meme conditionne par la nature des reponses immunes souhaitees. La contribution de la genomique a la conception de nouveaux vaccins se manifeste - ou se manifestera - par une meilleure comprehension de la relation agents pathogenes-cellules hotes, ainsi que des mecanismes regulateurs et effecteurs impliques dans la reponse immunitaire. L'analyse des profils d'expression de genes bacteriens pourrait permettre egalement de suivre certains procedes de fermentation industrielle. Au total, l'apport de la genomique s'integre, a de multiples niveaux, dans une strategie de developpement de nouveaux vaccins parfaitement definis sur le plan moleculaire, presentant au systeme immunitaire des composants antigeniques minimaux et necessaires pour garantir une efficacite et une innocuite maximales. Une comprehension fine de l'association entre une susceptibilite particuliere a certaines maladies et un polymorphisme genetique pourrait permettre d'envisager dans le futur le developpement de vaccins a facon, concus specifiquement pour des sous-populations humaines presentant un profil genetique donne. Lavenir est-il a la vaccinogenomique ?
L'emergence de nouveaux agents pathogenes, l'apparition de resistances aux antimicrobiens, et un environnement physique et social en mutation souvent propice au retour de maladies infectieuses jusque-la contenues, constituent une nouvelle menace pour la sante publique au plan local comme au plan international. Le renforcement des activites de surveillance des maladies infectieuses, basees sur l'epidemiologie et le laboratoire, et les capacites d'intervention rapide contre les epidemies, averees ou simplement suspectees, sont, outre la prevention la ou celle-ci est possible, les elements essentiels d'une securite sanitaire mondiale.
