疾患プロテオミクスの技術は進歩しているが，疾患バイオマーカーのdiscoveryから実用化に至るまでの道のりは平坦ではない。当該マーカーが最終ゴールに到達するには，基礎と臨床に加えて，関連企業との連携が必須と思われる。血清プロテオーム解析により我々が報告したフィブリノーゲンα C-chainのnear C-terminal fragment（FIC5.9と略）は簡便なELISA系の確立により，多疾患・多検体の解析が可能となった。その結果FIC5.9は慢性肝障害の早期肝線維化の評価に有効であることが見出されている。原発性肝細胞癌（HCC）は致死率の高い疾患であり，早期の診断が望まれている。我々は2D-DIGEを用いて原発性肝細胞癌の比較プロテオーム解析行い，癌部における高発現蛋白質を多数同定した。その結果に基づき，Ku86に対する血中自己抗体がHCCの新たな腫瘍マーカーとなり得ることを示した。
A novel method to identify nuclear proteins modified with N-acetylglucosamine by using a soluble glycosyltransferase having nuclear-localization signal.
病態試料を用いて, 病態マーカーや創薬の標的とな る細胞内異常シグナルネットワークを検索するには, ゲ ノム解析や mRNA 発現解析, タンパク質の発現解析や 特異的翻訳後修飾/相互作用解析などの様々な分子 解析結果を統合的に総合評価する事によってはじめて 可能となると考えられる. 我々は, 異なった解析法から 得られる莫大な分子データ群の統合マイニング法によっ て, 病態において異常に制御されたシグナル伝達経路 を特異的に抽出する方法論と迅速検証法を含めた一連 の分子統合解析システムを構築している. 本開発にお いては, 各種の分子発現差異解析法を融合的に用いて 同一試料群を同時解析後, 得られたすべての情報を統 合マイニングし, 重要分子シグナル群の抽出を可能とす る解析プログラムと, これらから抽出された分子群の高 感度, 高精度かつ迅速検索ツールとしての全自動二次 元電気泳動 Western Blotting (Auto2D-WB) 装置の開 発の成功が大きな役割を果たした. 全自動二次元電気 泳動装置と融合プロテオミクスを含めた一連の統合的シ ステムの開発と, これらを用いて特にがんの病態解析に 応用した例を紹介する.
Mucins are difficult to separate using conventional gel electrophoresis methods such as SDS-PAGE and agarose gel electrophoresis, owing to their large size and heterogeneity. On the other hand, cellulose acetate membrane electrophoresis can separate these molecules, but is not compatible with glycan analysis. Here, we describe a novel membrane electrophoresis technique, termed “supported molecular matrix electrophoresis” (SMME), in which a porous polyvinylidene difluoride (PVDF) membrane filter is used to achieve separation. This description includes the separation, visualization, and glycan analysis of mucins with the SMME technique.
A method for the affinity capture of specific proteins from a complex mixture using a polyacrylamide gel technique is described. The approach is based on the orthogonal electro-transfer of proteins separated by ordinary polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) to a ligand-coupled polyacrylamide gel (Li-PAG), which is placed under the PAGE gel. Upon electro-transfer, the proteins orthogonally migrate from the PAGE into the Li-PAG, based on the net charge. During migration to the Li-PAG, proteins that specifically interact with a ligand can be transiently trapped in the Li-PAG, while those that do not interact with a ligand pass through it. This method permits the separation of the proteins that can specifically interact with a ligand, even when present in a complex mixture. The method is demonstrated by applying it to the one-step isolation of a trypsin inhibitor from a crude extract of soybean flour.
