В работе обосновывается необходимость создания инновационных программ экологической направленности. Предлагается формирование 4-х типов эколого-инновационных программ. Дается классификация возможных источников средств целевых инновационных фондов и формируются их основные функции. Рассматривается структура управления и механизм реализации эколого-инновационных программ. Обосновывается стимулирование привлечения дополнительных источников финансирования указанных программ.