基于混合测序策略的两品种当归中类黄酮调控基因差异分析

目的:比较两个不同茎叶色当归品种‘岷归1号’与‘岷归2号’转录水平差异。方法:以两种颜色当归的新鲜叶片（带叶柄）和上端茎为材料，采用混合测序策略，应用全长转录组技术构建当归无参全长转录本文库，利用RNA-seq技术对两品种进行差异基因表达分析，再利用公共数据库对差异基因的生物学功能进行注释和精细分类，筛选调控当归茎叶色差异的主要候选基因。结果:当归转录本的测序结果良好，测序数据质量较高，当归全长转录本的34 528条序列在NR、京都基因与基因组百科全书（KEGG）、SwissProt及KOG数据库中分别注释到33 947、33 241、29，150和22 601条。对两品种当归差异表达基因（DEGs）进行精细分类，具有生物学功能和分子功能的705个DGEs可分为11类，主要富集在初级代谢（17.87%）、逆境响应（14.47%）以及次级代谢（11.49%）等功能上，与颜色有关的差异表达基因主要集中在类黄酮生物合成途径上。结论:两品种当归茎叶颜色差异的主要原因可能与调控类黄酮的生物合成基因的表达差异有关，可为后续进行功能验证，进一步明确与当归主要药效成分之间的联系奠定基础。