В водной толще и донных отложениях моря Лаптевых впервые изучен видовой состав гетеротрофных нанофлагеллят, определены их количественные характеристики, а также численность и биомасса основных пищевых объектов — бактерий и пиководорослей. На меридиональном разрезе от приустьевого участка р. Лены до глубоководной зоны моря в начале осени увеличение численности и биомассы планктонных гетеротрофных жгутиконосцев отмечено в прибрежных районах, испытывающих влияние речного стока. Количественные показатели планктонных гетеротрофных нанофлагеллят положительно коррелировали с температурой воды, численностью и биомассой бактерий и отрицательно — с соленостью. В поверхностном слое донных отложений численность и биомасса гетеротрофных нанофлагеллят были на 3–4 порядка выше, чем в водной толще, и на шельфе в пересчете на 1 м 2 превышали таковые в воде. Всего идентифицировано 28 видов и форм гетеротрофных жгутиконосцев. В их сообществе преобладали представители двух таксономических групп — Kinetoplastea и Stramenopiles. Видовое богатство гетеротрофных жгутиконосцев возрастало в направлении от прибрежных районов к морским и снижалось с глубиной.