多浪羊超数排卵卵巢中可变剪接基因的筛选

为了鉴定和筛选多浪羊在超数排卵处理下卵巢中的可变剪接(AS)事件和基因,本研究采用Illumina HiSeq 2500 测序平台对超数排卵组(DC)和同期发情组(DT)多浪羊卵巢组织分别进行转录组测序(RNA-Seq),使用HISAT2 软件对 2 组的基因表达量进行统计,使用rMATS软件对样本中的AS事件和差异剪接基因(DSGs)进行鉴定,对差异表达基因(DEGs)和DSGs进行GO功能和KEGG通路分析.结果表明:18 个样本共获得 37 150 524 个原始Reads,与绵羊参考基因组(Ovis aries v2.0)的比对率达 83.07%.发现有 32 087 个基因参与表达(FPKM≥0.1),其中高表达(FPKM≥100)基因约占 12.5%.DC vs DT共鉴定出116 392个AS事件,其中外显子跳跃(SE)占76.7%,涉及46 280个AS基因,每个基因平均发生2.5个AS事件;DC vs DT所得的 5 409 个DEGs和 7 161 个DSGs的交集基因有 267 个,其中DCB vs DTB中有 242 个(占90.6%).交集基因被显著富集到的GO条目有ATP依赖的微管运动活性等,KEGG通路有PI3K-AKT等信号通路,说明DC和DT在这些通路间存在较大差异.