مقایسه الگوریتم‌های درخت‌تبارزایی روی ژن BRCA1 در گونه‌های مختلف

ژن BRCA1 به­عنوان یک سرکوبگر تومور در مطالعات ورم پستان گاو و سرطان سینه انسان مورد توجه است. در این پژوهش، توالی CDS این ژن از 32 گونه پستاندار از پایگاه NCBI استخراج شده و با استفاده از الگوریتم BLAST و نرم‌­افزار MEGA هم­ردیف‌سازی شد. روابط تکاملی با پنج روش فیلوژنتیک DNAPARS، Pars، PhyML، Dnaml و Proml بازسازی شدند. نتایج نشان داد تمام روش‌ها، گونه‌های نزدیک مانند Bos taurus و Ovis aries را در یک خوشه قرار دادند که حفاظت عملکردی BRCA1 در ترمیم DNA و تنظیم ایمنی را تأیید می‌کند. با این حال، تفاوت‌های معنی­داری در توپولوژی درخت‌ها مشاهده شد: روش‌های حداکثر درست‌نمایی (PhyML/Dnaml) با بوت‌استرپ 75-65 درصد، انسان را با نخستی‌سانان گروه‌بندی کردند، در حالی که روش‌های حداکثر صرفه‌جویی (DNAPARS/Pars) با بوت‌استرپ 60-50 درصد، روابط ضعیف‌تری برای جوندگان نشان دادند. الگوریتم بیزی Proml نیز عدم قطعیت در تخمین طول شاخه‌ها را آشکار ساخت. این تفاوت‌ها، حساسیت روش‌ها به نرخ تکاملی ناهمگون BRCA1 را نشان می‌دهد و لزوم استفاده از داده‌های ترکیبی mRNA و پروتئین را برای کاهش سوگیری‌های روش‌شناختی برجسته می‌سازد. یافته‌های این مطالعه نه تنها تاریخچه تکاملی BRCA1 را روشن می‌کند، بلکه کاربردهای عملی در پرورش دام‌های مقاوم به ورم پستان و مطالعات سرطان سینه انسان دارد. پژوهش‌های آینده باید نقش انتقال افقی ژن و تأثیر آن بر تکامل BRCA1 را بررسی کنند. این مطالعه، چارچوبی برای تحلیل تکاملی ژن‌های مقاومت به بیماری ارائه می‌دهد.