La biologie du champignon mycorhizien a arbuscules Rhizophagus irregularis DAOM197198 a la lumiere de la genomique et de la transcriptomique. Les Glomeromycetes sont des champignons symbiotiques mutualistes associes aux racines des plantes. La majorite des especes vegetales sont capables de s'associer a ces champignons. Cette association favorise le recrutement de sels mineraux du sol par les plantes, en echange le champignon retire du carbone de son hote. La mise en place de cette symbiose consiste en une succession d'etapes de developpement fongique sous controle de molecules signaletiques. Mes travaux de recherche ont porte sur la description des programmes genetiques qui sous-tendent le developpement du champignon Rhizophagus irregularis isolat DAOM197198 lors de l'etablissement de la symbiose. Le champignon a ete cultive dans plusieurs conditions marquant les points clef de son developpement, et les ARN ont ete sequences. Les donnees RNAseq obtenues ont ete utilisees pour definir les modeles de gene de l'assemblage du genome. R. Irregularis possede un genome haploide et homocaryotique (Tisserant*, Malbreil* et al. , 2013). Les strigolactones (molecules signales de la plante) regulent de l'ordre de 300 genes durant la phase pre-symbiotique, et ce, de maniere sequentielle. A travers l'etude du transcriptome de R. Irregularis en association avec trois especes vegetales phylogenetiquement eloignees, j'ai montre qu'il existe un set de 262 genes fortement induits quel que soit l'hote. Ces resultats ont permis d'affiner la recherche de candidats pertinents impliques dans la symbiose et le developpement dans les tissus vegetaux. Enfin le couplage d'approches transcriptomiques et metabolomiques ont permis l'identification des propionyl- et butyryl-carnitine, qui sont potentiellement impliquees dans la symbiose.
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