以通讯作者（含共同作者）身份在Cell Discovery、J Clin Inves、Nucleic Acids Research、Science Advances、Bioinformatics、Brief Bioinform等杂志发表SCI研究论文80余篇。2010年入选教育部新世纪优秀人才，2014年获得国家自然科学基金委优秀青年科学基金，2020年获得国家杰出青年科学基金。已授权中国专利4项、美国专利、欧盟专利各1项。崔庆华教授创建的人类microRNA疾病数据库HMDD和lncRNA疾病数据库LncRNADisease，均位居国际医学与健康领域数据库影响力前3%（分列全球第22和25名，中国第1和第3名）。他所创建的非编码RNA疾病网络分析算法MISIM、microRNA疾病与功能富集分析算法TAM等被国际著名学者评价为非编码RNA与疾病生物信息处理领域提出最早、应用最广的算法。他利用所建立的工具，揭示了一批新靶点如血管损伤新靶点lncVSM，糖脂代谢新靶点lncSHGL。他筛选到一批新药物，如发现柚皮素能有效防治腹主动脉瘤（已授权中国、美国和欧盟专利），还揭示了系列新机制，例如揭示了糖皮质激素诱发糖尿病的机制。