SARS-CoV中性突变速率和有根系统发育树再研究及其起源的新思考

目的 SARS-CoV起源仍未清楚,本文应用系统发育分析方法重建有根系统发育树,比对文献资料,提出SARS-CoV起源的新思考,为最终找到SARS-CoV的真实起源打下基础。方法在美国国立生物技术信息中心(national center for biotechnology information,NCBI)中获取9条SARS-CoV序列。计算其同义替换核苷酸的数量(Ks值),并构建散点图,进行直线拟合,获得SARS-CoV的中性突变速率;进一步计算最近共同祖先日期(time ofmost recent common ancestor,TMRCA),最后绘制系统发育树。结果 SARS-CoV中性突变速率为7.6×10-6/位点.天(t=18.95,P<0.001),R2=0.98,直线拟合的可信度较高。绘制出的有根系统发育树发现有异常之处,并和有关文献无根树对照,提示SARS-CoV进化上存在"逆向进化"。结论 SARS-CoV在流行中出现"逆向进化",SARS-CoV的起源可能是非自然性的,可能是非完全动物源性。