北京地区志贺菌多位点可变数目串联重复序列分析分子分型研究

目的 筛选适用于志贺菌不同血清群分子分型的可变数目串联重复序列(VNTR)位点,探索建立多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)分型方法,应用于菌株的分子特征分析.方法 从2001-2009年北京地区痢疾监测中收集到的志贺菌菌株中,根据每年监测到的菌株数量和各种血清型别按15％的比例抽取,共选择180株菌,其中宋内志贺菌50株,福氏志贺菌130株.对18个VNTR位点进行多态性筛选后,保留10个VNTR位点(sh1～sh10)构成3组多重PCR方法进行检测,利用毛细管片段分析对180株菌进行检测和MLVA分子分型.结果 筛选的10个VNTR位点在180株志贺菌菌株中等位基因数目为2～11种,多态性分辨系数(D值)为0.158～ 0.766.在不同血清群间,10个位点的多态性不同,其中sh6在福氏志贺菌、sh2和sh3在宋内志贺菌中均只有1种等位基因.180株志贺菌分成84种MLVA型别,D值为0.967(95％ CI:0.956～0.978),其中130株福氏志贺菌,分成63种型别,命名为TF001～ TF063,TF001、TF002和TF005为主要型别,分别为17、16和15株；50株宋内志贺菌,分成21个型别,命名为TS001～TS021,TS002和TS001为主要型别,分别为14、7株.结论 初步建立了志贺菌10个VNTR位点MLVA分型方法.通过MLVA分析,揭示志贺菌北京分离株分子型别比较分散,存在多克隆来源.