Hsa-miR-106b-25簇的靶基因预测及生物信息学分析

目的 Hsa-miR-106b-25簇涉及肿瘤的多种生物学过程,文中对hsa-miR-106b-25簇:miR-106b、miR-93、miR-25进行靶基因的预测及功能分析,为进一步研究这3个miRNAs的功能及他们之间的相互作用调节机制提供线索. 方法 应用miRBase数据库获取miR-106 b、miR-93及miR-25的序列信息,选择TargetScan、PicTar、miRanda 3种在线靶基因预测软件分别预测它们的靶基因,取交集并结合miRTarbase数据库中3种及3种以上实验验证过的靶基因作为进一步生物信息学分析的基因集合;分别对基因集合进行生物过程的功能富集分析,pathway 分析及蛋白互作分析. 结果 hsa-miR-106b-25簇的预测靶基因富集于多个生物学过程及功能,其生物过程主要集中于:大分子新陈代谢调节、代谢过程的调节、细胞周期;KEGG通路主要富集于:胶质瘤、黑色素瘤、前列腺癌、胆囊癌等肿瘤相关通路,蛋白互作显示基因簇中3个成员miRNA的预测靶基因编码蛋白质间存在复杂的相互作用,靶基因KAT2B、PTEN、TP53、CDH1、MDM2、E2F1、RB1、SMAD7编码蛋白在互作网络中具有核心地位. 结论 miR-106 b-25簇中的3个成员通过调控细胞周期的转换作用于肿瘤通路过程进而调节下游靶蛋白参与肿瘤的发生过程.