Performance de la PCR GeneXpert MTB/RIF dans le diagnostic des tuberculoses extrapulmonaires ?

Introduction La PCR en temps reel est un outil tres interessant pour le diagnostic de la tuberculose qui reste une maladie infectieuse grave et de diagnostic parfois long. Les formes extrapulmonaires qui representent 27 % des cas de tuberculoses sont difficiles a diagnostiquer. Nous avons evalue les performances du test GeneXpert MTB/RIF (Cepheid) pour le diagnostic des formes extrapulmonaires afin d’implanter le test en routine. Materiels et methodes Analyse retrospective des resultats des echantillons d’origine extrapulmonaire pour lesquels une recherche de mycobacterie a ete realisee a la fois par culture et par un test PCR en temps reel GeneXpert MTB/RIF dans notre laboratoire L3 du 1 er janvier 2015 au 31 aout 2017. Les performances de la PCR ont ete comparees a la culture (gold standard) et analysees en fonction de la nature de l’echantillon recu au laboratoire. Resultats Au total, 139 patients ont ete inclus dans le cadre d’une suspicion de tuberculose extrapulmonaire. Au total, 144 echantillons d’origine extrapulmonaire ont ete etudies. Pour 96 echantillons, PCR et cultures etaient negatives et pour 27 echantillons les deux techniques etaient positives et ont permis d’etablir le diagnostic de tuberculose extrapulmonaire. De facon interessante, pour 9 echantillons, la PCR etait positive alors que la culture etait restee negative. Sur ces 9 echantillons, 7 venaient de patients sous traitement antituberculeux, ce qui explique les resultats de la culture negative. Enfin pour 11 echantillons, la PCR etait negative alors que la culture etait positive. Ainsi, dans notre etude, en comparaison a la culture, les performances du test GeneXpert MTB/RIF sont les suivantes : Se 71 %, Sp 91 %, VPP 75 % et VPN 90 %. D’apres l’analyse des donnees en fonction du type de prelevement, les performances de la PCR par rapport a la culture sont les suivantes : Se 90 %, Sp 87 %, VPP 82 % et VPN 93 % pour les tuberculoses ganglionnaires ; Se 25 %, Sp 97 %, VPP 50 % et VPN 92 % pour les meningites tuberculeuses ; Se 100 %, Sp 92 %, VPP 80 % et VPN 100 % pour les prelevements osteo-articulaires ; Sp 85 % et VPN 78 % pour les liquides de sereuses. Conclusion La PCR en temps reel GeneXpert MTB/RIF presente, d’apres les donnees de notre etude pour les tuberculoses extrapulmonaires, une sensibilite superieure a celle de l’examen microscopique (71 % versus 20 % dans notre etude). Les performances de ce test sont interessantes dans le diagnostic des formes ganglionnaires et osseuses par rapport a la culture. La culture reste malgre tout un element important pour le diagnostic. La qualite et le volume des echantillons sont des criteres de qualite indispensables a evaluer pour rendre le diagnostic bacteriologique plus performant.