EBSeq: An R package for differential expression analysis using RNA-seq data

4 Quick Start 6 4.1 Gene level DE analysis (two conditions) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 4.1.1 Required input . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 4.1.2 Library size factor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 4.1.3 Running EBSeq on gene expression estimates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6 4.2 Isoform level DE analysis (two conditions) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 4.2.1 Required inputs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7 4.2.2 Library size factor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 4.2.3 The Ig vector . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 4.2.4 Running EBSeq on isoform expression estimates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 4.3 Gene level DE analysis (more than two conditions) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9 4.4 Isoform level DE analysis (more than two conditions) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11