应用高通量测序技术鉴别中国输入性黄热病毒野毒株与疫苗株

目的 鉴别2016年3月我国3例输入性黄热病例为2016年安哥拉流行的黄热病毒野毒株感染,还是黄热病毒疫苗相关疾病,亦或是二者的混合感染.方法 应用IonTorrent PGM测序平台,对3例黄热病病例血液或尿液标本进行高通量测序,对所获得的3株黄热病毒序列进行基因组特征分析.分析黄热病毒野毒株与疫苗株核酸序列差异,以同源性较低区域序列作为参考序列将高通量测序获得的短序列做回贴和比对.结果 从3份黄热患者标本中获得了部分黄热病毒基因组,其中从第二例患者标本中获得了全长蛋白编码区序列.3株病毒与2016年从中国第一例输入性黄热病例中分离的病毒株CNYF01 R/2016株和来自安哥拉的1971年毒株Angola71株具有极高的相似性,都属于安哥拉型黄热病毒.分析得到5段黄热病毒野毒株与疫苗株核酸序列差异较大的区域,在这5段区域中,3份标本测序获得短序列与野毒株均有多个匹配,而与疫苗株则没有匹配.结论 3例黄热患者的血液或尿液标本中未检测到黄热病毒疫苗株17D株基因组序列,高通量测序证实3人均为2016年安哥拉流行的黄热病毒野毒株感染.