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长三角地区兼用型鸭全基因组遗传多样性分析

Jiangsu Agricultural Sciences(2017)

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摘要
为了全面了解长三角地区兼用型鸭的遗传多样性,对该地区娄门鸭、昆山麻鸭、巢湖鸭和高邮鸭的血液进行全基因组重测序分析.4个样本平均的测序深度和覆盖率分别为11.91×、97.19%;通过与北京鸭的基因组进行比对,娄门鸭、昆山麻鸭、巢湖鸭和高邮鸭分别检测到7733429、8161310、7324728、7986534个SNP,1145846、1239348、958379、1121697个Indel以及1777、1949、1556、1088个CNV,这些变异大部分坐落在基因间或基因内的内含子区;通过群体系统进化树分析和CNV交集分析发现娄门鸭和昆山麻鸭为一类,巢湖鸭和高邮鸭为一类.
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