东海带鱼(Trichiurus japanicus)肝脏转录组SSR和SNP特征分析

本研究以东海带鱼转录组测序数据为基础,采用MISA软件进行SSR筛选,利用Sam-tools和GATK进行SNP筛选,并进行SSR和SNP的特征分析.结果共获得SSR 49311个,其中完整的微卫星共有44625个,复合型SSR数目为4687个.SSR片段长度11～374 bp.重复长度小于20 bp的序列,有30997条,其中长度在12～20 bp的SSR为7523个,约占总数的29.35％,呈中等多态性,重复长度大于20 bp长序列为13627个,约占总数的53.18％,呈较高多态性;共获得SNP位点数876199个,其中颠换335218个,转换540981个,转换、 颠换比例为1.61:1.在非编码区的SNP数量为578020个;在编码区的SNP总数298179个,在编码区的碱基转换类型中C→T占比最高,为22.09％.另本研究提供了SSR和SNP原始引物各10对.研究结果可为今后带鱼的分子标记开发、 遗传连锁图谱构建以及种质资源保护等提供基础数据.